ヤマト運輸、佐川急便であれば代引き設定は可能です。
伝票設定内「送り状種別設定ルール」で設定してください。
参照:送り状種別設定ルールの使い方(ヤマト運輸)
伝票設定内「指定シール」で設定してください。
参照:佐川急便の指定シールの項目を設定したい
伝票設定内「お客様指定配送種類変換ルール」「代金引換金額出力ルール」で設定してください。
参照:日本郵政の配送伝票設定とCSV出力